טיפול מסוג זה יכול להציל את השן מעקירה בכמה מקרים קליניים:

• כשיש סימפטומים בלתי פוסקים ללא בעיה נראית לעין. ברוב המקרים זה קשור לאנטומיה הבלתי רגילה של השורש.
• במקרים של הסתיידות של התעלות אשר מונעת חיטוי דרך כותרת השן.
• כשזיהום אינו נרפא (לאחר שנה) או שחידוש טיפול שורש לא נתן את התוצאה הרצויה.
• כשפוצר נשבר בתוך התעלה ולא ניתן להוציא אותו דרך כותרת השן.

טיפול זה נהיה בשנים האחרונות קל יותר לביצוע בעזרת אלחוש מקומי מועיל שניתן במקום המדויק בעזרת צילום תלת ממד מסוג CBCT. במהלך טיפול זה אנחנו מרימים מתלה בחניכיים באזור האפקס (קצה של השורש) של השן הנגועה, על מנת לאפשר גישה ישירה למקום המזוהם. אנחנו חותכים את המילימטרים האחרונים של השורש וגם את רקמת העצם הנגועה. אנחנו מרחיבים את פתח התעלה ואוטמים אותה עם חומר על מנת למנוע כניסה של חיידקים לתוכה. לפעמים אנחנו נוסיף עצם וגם רקמה על מנת לתת ריפוי אופטימלי של המקום. העצם תעבור רגנרציה תוך שנה עד 3 שנים, בתלות בפגעים שהיו בה לפני הטיפול. שימוש במשככי כאבים מדרגה 1 או 2 יאפשרו השתלטות על הכאבים הפוסט-אופרטיביים.
נפיחות באזור יכולה להיות בימים שלאחר הניתוח (3-4 ימים).
שימוש בטכנולוגיות חדשות וכן במשקפי הגדלה פי 6, מעלים את אחוזי ההצלחה של הטיפול. ייתכן שהדלקת מסביב לחוד השן לא תתרפא ותגרום להופעה של ציסטה חדשה. תופעה כזאת עלולה להתרחש בדרך כלל במקרה של סדק בשורש ולמניעת אפשרות זו נדרשים ביקורת קלינית וצילום כל חצי שנה עד שנה.

קונטרה-אינדיקציה למיקרוכירורגיה:

אם הזיהום של שן שעברה טיפול שורש נובע מסדק או שבר של השורש, חידוש טיפול שורש או טיפול כירורגי לא יוכלו להציל את השן ונצטרך לעקור אותה.